龙口农商银行最高权力机构为股东大会，下设董事会、监事会。

        董事会下设风险管理委员会、关联交易控制委员会、提名与薪酬委员会、战略委员会及董事会办公室、高管层；监事会下设审计委员会及监事会办公室。

       行长负责经营管理层的日常工作，下设贷款审查委员会、集中采购委员会、财务审批委员会、稽核监督委员会；同时负责管理辖设业务发展部、信贷管理部、金融市场部、国际业务结算中心、资产管理部、人事综合部、风险合规部、财务管理部、科技部、审计部、安全保卫部、押运中心、资产经营中心、运营管理部、授信审查审批中心、党群工作部、纪委办公室、监事会办公室、村行办公室、营业部等部门及65处营业网点（分行1家、中心支行5家、异地支行5家、一级支行13家、二级支行、分理处41家）。